一顆時隔百萬年重新路過的巨大彗星，讓啓元星發生了山崩地裂的大地震。深藏地底的遠古生物和病毒強勢入侵。百年之後，人類不得不放棄了過去生活的平原和丘陵，退守星球上的奇山險峯。人們依據這裏的地利優勢，抵抗遠古生物和喪屍的入侵，並且在這些山顛重新建立了各具特色的新城市，當時稱為天空之城。一對天才魔法師夫婦的神秘遇害，留下了一對年幼的遺孤和一艘殘破不堪的空天飛船。看主角如何帶着年幼的妹妹，一艘奇特的飛船，一位管家婆一樣的艦娘，在這個神奇的世界裏，不斷破開重重迷霧，尋找父母死亡的真像，並一步步跟隨線索找到傳説中的浮空城市，刷破父親的記錄成為新的全球最年輕的全系大魔導師。